Nature子刊 - 中山大学发现首个可检测ABE全基因组脱靶效应的方法

2019-02-11 编者:小麦 298

腺嘌呤碱基编辑器(ABE)能够催化A-T至G-C转换,是一种重要的基因编辑工具箱。2019年1月8日,由中山大学、广州医科大学以及中国医科院及部分美国学者组成的研究团队在Nature communications上发表了题为“Genome-wide profiling of adenine base editorspecificity by EndoV-seq”的研究论文。通讯作者是中山大学的黄军就教授和松阳洲教授。研究展示了第一种可检测ABE全基因组脱靶效应的检测方法,并揭示了ABE和经典Cas9核酸酶之间可能存在的相似性和差异。


研究团队使用自主开发的EndoV-seq平台系统地评估ABE对全基因组的脱靶脱氨作用。 EndoV-seq利用内切核酸酶V在体外切割由ABE脱氨基因组DNA的含肌苷的DNA链。然后对处理过的DNA进行全基因组测序以鉴定脱靶位点。

在研究人员用ABE测试的8种gRNA中,发现2-19(平均8.0)脱靶位点,显着少于经典Cas9核酸酶(7-320,160.7平均值)。通过靶位点深度测序进一步验证体内脱靶脱氨作用。

此外,研究人员证明可以在单个EndoV-seq测定中检查六种不同的ABE-gRNA复合物。此项研究展示了第一种检测ABE全基因组脱靶效应的检测方法,并揭示了ABE和经典Cas9核酸酶之间可能存在的相似性和差异。


原文链接:

https://www.nature.com/articles/s41467-018-07988-z


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